1.風險增加
組合申請風險更大，分開則反之。對于中文商標、字母商標和圖形商標組合的商標，商標局會將其拆開來分別審查，只要有一個元素和別人商標中的相同元素構成相同或近似，就會將該枚商標整體駁回。如：要注冊“倍克beikeer及圖形”，但存在“北科beiker及圖形”，英文部分近似，整體駁回。
2.使用不便
組合申請使用不方便、不靈活，分開則反之。若組合申請，則使用時必須組合使用，不能拆分，不能換位置，綁定死了；而分開申請則非常靈活，可獨立用，亦可隨意組合用。如：NIKE、圖形、耐克，可以分開，可以組合，對于包裝，門頭，產品上用都非常方便，如果組合申請，在鞋子上使用就非常大一塊，也不美觀。
3.時間增加
組合申請的商標其審查速度比單獨申請的商標相對較慢，因為每部分都要分開審查，而單獨申請則互不影響。
4.費用問題
組合申請費用少，單獨申請費用多。組合申請為一個商標是一份的錢，分開申請就要花幾份錢。雖然表面成本增加了，但是實際使用過程中產生的無形效益要遠遠大于分開注冊的這筆費用。
因此，單獨注冊的商標在使用時非常靈活：既可以分開使用，又可以組合使用，在大大提高注冊成功的幾率的同時，又能增強商標在注冊成功后的商標防御能力。分別提出注冊后，三個部分都獨立而顯著，一旦遇到侵權行為，便于維權。
商標分開申請正如商標有盲期是一樣的性質，而且商標分開申請不會因局部審核不通過而導致整個商標不通過。從時效和成功率以及申請費用三方面來考慮，分開申請的性價比都是最高的。
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